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科学家解析桃树基因组 qrcode

2013-04-11

诸如杨树和柳树等速生树种是候选“生物燃料作物”,预计能有效地提取其纤维素乙醇和高能量含量燃料。驯化这些树种成为作物需要对其生理学和遗传学有深刻的认识,科学家们正在研究长期驯化的果树寻求线索。乍看起来,桃子和杨树之间的关系可能不是一目了然的,但对植物学家而言,两树种都是rosid家族的一部分,rosid家族不仅包括如苹果、草莓、樱桃和杏仁等果树,但许多其他的植物,如玫瑰,也分享家族的名字。

“桃和杨树之间的密切关系在它们的DNA序列上是显而易见的,”美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)首脑eremy Schmutz说。

在《自然遗传学》杂志三月二十四日版次,国际桃基因组计划(IPGI)公布了油桃洛弗尔品种的265百万碱基的基因组。Schmutz及其同事是国际桃基因组计划(IPGI)的部分成员。

“用比较基因组学方法,桃序列特征不仅可以利用来改良和稳定桃以及其他重要树种,也增强了我们对树木基础生物学的理解,”该研究小组写道。他们比较了141桃基因家族与其他六个完全测序的不同植物物种,阐明独特的代谢途径,例如,那些引导木质素生物合成的-粘贴植物细胞在一起的分子“胶水”,也是解构生物质为燃料的主要障碍。

对研究生物能源的人员来说,桃基因组的大小正是其作为研究在相关基因组中发现的基因的理想植物模型,如杨树就是DOE JGI的一个旗舰植物基因组,以及是开发提高用作生物燃料的作物产量的方法的模式植物。

“我们感兴趣的一个基因是桃子中的所谓“常青树”的位点,能延长生长季节,”DOE JGI真核计划的负责人Daniel Rokhsar说。在他的领导下,桃基因组测序在2007下半年开始。“在理论上,杨树可以被操纵增加生物量的积累。”

在国际桃基因组协会于DOE JGI植物网站phytozome.net和其他网站公布注释的桃基因组初稿后,结果出版三年了。桃基因组测序的决定在2007年植物和动物基因组XI会议上首次宣布。

在美国,该计划由美国能源科学办公室资助。领军研究人员来自DOE JGI、Hudsonalpha生物科技研究所、克莱姆森大学、北卡罗来纳州立大学和华盛顿州立大学。美国农业部和能源生物科学研究所提供额外的资助,加州大学伯克利分校资助作者Therese MitROS。意大利政府也支持了这一国际事业,包括来自意大利罗马果树研究中心/农业研究理事会的第一作者Ignazio Verde的工作。智利、西班牙和法国的研究院也作出了贡献。



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