通常情况下，使用除草剂产生药害的原因有：误用或错用、施药设备受到污染、雾滴挥发与漂移、土壤残留对后茬作物影响、混用不当、除草剂降解产生有毒物质，异常不良环境等等。
以最常用的使用范围最广的磺酰脲类除草剂为例，其对杂草有较高活性，可用于农田、林地及非耕地等防除杂草。但此类除草剂属于长残留性除草剂，使用后在土壤残留时间较长，即使有微量残留也易造成后茬敏感作物药害。磺酰脲类长残留性除草剂品种如氯磺隆、甲磺隆、胺苯磺隆、氯嘧磺隆、单嘧磺隆等。降低长残留性除草剂用量的办法为使用助剂，在稀释液中加入植物油型助剂1%或非离子表面活性(0.1~0.25)%。或者，合理混用不同类型的除草剂，降低磺酰脲类除草剂的用药量。还有就是采取适当的农作措施、生态调控与化除相结合控草技术体系。抗性的预防应选用不同作用靶标除草剂的合理轮换使用；同时兼顾水旱轮作的种植方式。
值得注意的是，大部分除草剂药害是由人为操作不当造成的，如：
1. 用药时期不当，施药过量或浓度过高。当气温高时，在标签推荐范围内要适当降低用药浓度，气温低时，要适当增大使用浓度；湿度大时，要适当增加用药量，湿度小时，要适当减少用药量。干旱时要灌水使土壤湿润，让杂草种子萌发，以便杀灭。其次，要掌握各种除草剂适合在哪种作物上使用，才能取得良好的杀草效果。杂草老化期施药效果差，在杂草种子萌发期和幼苗期除草效果最好。
2. 错误混用除草剂。除草剂的混用非常常见，可以扩大杀草谱，提高除草效果，延长药效期，降低对作物的药害压力，减少残留活性，延缓除草剂抗药性的发展等好处，但往往也因混用不当而造成大面积药害发生。要根据不同杂草选择用药。除草剂品种很多，有化学除草剂和生物除草剂；在剂型上有水剂、粉剂、乳油、颗粒剂等；在杀草机理上有选择性除草剂和灭生性除草剂等，每种除草剂的性质不同。因此，首先要了解各种除草剂的性质和杀草对象后再谨慎混用。
3. 施药器械有跑冒滴漏现象造成了漏喷地方除草效果差，多喷地方药害严重。
4. 喷头选择不当，雾滴漂移严重，除草剂喷洒应使用扇形喷头，考虑风力因素最好使用防漂移喷头。
5.
施药器械不分类管理，如，打过除草剂后未能清洗彻底，再次打药时发生药害。
环境因素和气象因素也是导致药害发生的原因：
如，土壤有机质含量，水分、温度变化，光照强度等等。同样以磺酰脲类除草剂为例，其在pH≤7偏酸性条件下易降解，在pH≥7偏碱性土壤中降解缓慢，容易对后茬作物产生影响；一般温度高、湿度大有利于磺酰脲类除草剂水解；相反，药剂分解缓慢，在土壤中残留期延长。土壤有机质含量对其影响较小，一般在有机质含量高的土壤中残留活性低于有机质含量低的土壤。
此外，在使用任何除草剂的时候都应该考虑控制药剂漂移的问题，尽量避免因飘移造成的药害发生。
采用以下方式可以预防漂移的问题：
1. 使用专门设计减少漂移的喷嘴
2. 使用低压强喷嘴或喷药口较大的喷嘴
3. 当喷雾效果不理想的情况下，加入防漂移的助剂
4. 尽量贴近地面进行喷施
5. 在少风的清晨或傍晚施药，或在风速低（小于9公里/小时）的时候施药
6.
如果田块临界敏感作物，则临界部分不建议喷药，应设置隔离带或隔离行
除草剂药害补救措施：
1. 对于光合作用抑制剂照成的药害可及时采取根外追施速效肥料，如尿素等速效肥
2. 甲草胺、乙草胺等酰胺类除草剂造成的药害可喷施赤霉素。另外一些植物生长调节剂可作为部分除草剂的解毒剂
3. 施用有机肥料，如人畜粪便，喷施叶面肥或撒播活性碳以及翻耕等可消除或减轻除草剂在土壤中的活性
4. 连续喷水洗苗，反复灌水洗田冲地稀释排毒，可有效减轻药害影响。
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